军机部不是一个正式的国家机关。清代的《汇编法典》只称“军机处”，并无官办。这个办公室不叫政府办公室，只叫“值班室”。
军机大臣值班室称为“军机厅”。起初，这里只有几间木板屋。后来，瓦房被重建。起初，张京军机部长值班室有一间半房，后来有了五间房。
可以看出，军机部最初是作为一个临时机构成立的。雍正、乾隆两朝的会议代码均未列入军机司。
尽管如此，自雍正七年设立军机处以来，除了乾隆初停摆两年外，一直是独立于大臣会议和内阁的常设机构。
在嘉庆举行会议仪式时，军机部被列为正式机关。
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