两者的功能就有本质上的不同。比如说交换机，也就是相当于多了网线接口的港版手机实际上分为两种，一种是港行，即在香港上市销售的正品，这一种港版手机是有发票、有质量保障的，只是目前来说在大陆还不能享受保修等服务，手机出问题的话只能回到香港保修；而另一种叫做水货，由于都是拆开了包装后再重新组装的，因此在这个过程很难保障原装正版，如果碰到了没良心的商家，入手的手机可能会存在很大的风险，如质量问题、14天机、高仿、高仿零配件等等。如果你认识靠谱的商家的话，也还可以大胆一试。
而国行手机，相对应港版来说就是在大陆上市销售的手机，一般在苹果零售店、苹果官网、运营商合作营业厅等正规渠道购买的国行苹果手机都是比较放心的，质量和港行手机是相同的，有信息产业部的入网许可证，也有发票，“包修、包换、包退”，可以在大陆保修，有质量保障。因为含有关税，加上港币汇率问题，因此在价格相对港行来说会高一些。
除了保修和价格区别之外，两者的网络制式和运营商限制等也可能会有区别。
国行苹果手机三网通，关于上网基本没有什么限制。港版苹果手机虽然也有全网通版本，但是有锁版iPhone6s（A1633）和有锁版iPhone6s Plus（A1634）并不支持电信3G/2G网络，还有一些港版苹果手机只支持移动卡、联通卡，不支持电信卡。举个例子，港版iPhone X插入电信卡只能上网，不能打电话和发短信。如果你一贯用电信卡，手机号也不想换的话，建议最好不要买港版的。还有一些手机功能可能会有差别，比如，国行iPhone6s相比港版iPhone6s少了Facetime和volte两个功能，如果这两个功能在日常的使用频率并不高的话，这两者区别不大；但对于对这两个功能有需求的用户来说，可以大胆地选择港版的。
手机配件上也有一些差别，港版的手机充电器为大三脚插头，而国行充电器为小型二脚充电器。所以想用港版的最好买个转换器，或者自己备一个充电器。除此之外，两者之间没有其他太大的差别了。
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